Ometepe blickt auf eine reiche präkolumbianische Geschichte zurück und gehört zu einer der bedeutendsten Regionen der Welt für Felskunst. Auf der ganzen Insel findet man Petroglyphen (in Stein gemeißelte Bilder) und Steinstatuen, an anderen Stellen Keramiken, Urnen und Gegenstände des täglichen Gebrauchs. Für die einstige, indianische Bevölkerung war Ometepe das verheißene Land. Sie sahen im Maderas den heiligen Platz der Sonne und und im Vulkan Concepción den Bruder des Mondes.

Aufgrund der vielen welligen Linien und Kreise, die auf die Lavasteine geritzt sind, bezeichnen Archäologen Ometepe oft als die Insel der Kreise und Spiralen. Manche Bilder sind extrem abstrahiert und detailreich. Ein ständig wiederkehrendes Motiv ist die Spirale.

Andere Abbildungen zeigen antropomorphe und zoomorphe Figuren, oder Tiere wie Eidechsen, Krokodile, Schildkröten und Frösche. Auf manchen Felsen sind Kalender eingemeißelt, die zeigen, dass die Indianer 18 Monate mit jeweils 20 Tagen zählten, welches ein Jahr mit 360 Tage ergibt. Die ältesten Petroglyphen auf Ometepe wurden 1000 v.Chr. geschaffen.

Orte auf Ometepe, an denen man Petroglyphe findet:

Petroglyphe und antike Keramiken findet man in vielen Privathäusern, Sammlungen und Hotels auf Ometepe. Einige der besten Stellen, an denen man Petroglyphe an ihrer Ursprungsstätte sehen kann sind auf der Finca Porvenir und hinter der Finca Magdalena, beide im Bezirk Santa Cruz und Balgüe. Andere Petroglyphen sind in San José de San Marcos, wo auf einem Fels ein Adler mit weit geöffneten Schwingen dargestellt ist. Auf der San Antonio Farm, auf einem Landzipfel im Nicaraguasee, sind mehrere Petroglyphen mit kreisförmigen, quadratischen und rechteckigen Zeichnungen. Weitere Petroglyphen findet man auf der Primavera Farm, nahe der Mündung des Rio Buen Suceso. In der Nähe von Cigüeña ist das Kreuz des Südens auf einem mittelgroßen Stein abgebildet und in der Nähe sind mehrere Steine mit Tierbildern. Auf der Ostseite des Maderas findet man Felsmalereien in Tichana und weitere Petroglyphen in Corazal.

Eine der bedeutendsten Fundstellen sind Tagüizapa und San Silvestre, wo bisher vier große Steinfiguren gefunden wurden und wahrscheinlich noch viele weitere unter der Erde liegen. Im Museum in Altagracia kann man ein paar nette Monumente und Petroglyphen besichtigen. Ein paar große Steinfiguren sind auf dem Gelände der Gemeindekirche ausgestellt und im anglikanischen Siloé Tempel ist ein Stein mit einem "X" und Kreuzformen, der einst für Menschenopfer gebraucht wurde.

Viele Steinfiguren und Petroglyphen wurden von Ometepe weggeschafft und befinden sich heute an Plätzen wie dem Palacio Nacional und dem Museum in Managua, so wie an vielen anderen Orten auf der Welt.